5인 미만 사장님 필독: 연말정산 원천세 신고, 가산세 피하는 법 (홈택스, 4대보험) - 프랜차이즈 생존 백서

매년 1월, 세무 기장 없이 직원 인건비를 직접 신고하는 5인 미만 사업장 사장님을 위한 최종 가이드입니다. 가장 많이 하는 실수와 가산세 폭탄을 피하는 법, 홈택스 원천세 신고부터 4대보험 보수총액신고까지의 실무 핵심만 담았습니다.

목차

• 사장님, 진짜 폭탄은 원천세가 아닙니다
• 원천세와 연말정산, 개념부터 확실히 잡기
• 사장님을 위한 홈택스 원천세 신고 실전 가이드 (A to Z)
• 잊으면 큰일 나는 4대보험 보수총액신고 따라하기
• 자주 묻는 질문 (Q&A)

사장님, 진짜 폭탄은 원천세가 아닙니다

매년 1월이면 달력만 봐도 속이 쓰려오는 사장님들이 많으실 겁니다.

직원들 월급 챙기기도 바쁜데, 1월 10일까지 원천세, 2월 말까지 지급명세서, 3월 10일까지 4대보험 보수총액신고... 머릿속이 하얘지죠.

대부분 사장님들이 1월 10일 원천세 신고 마감에만 온 신경을 집중합니다.

하지만 진짜 무서운 건 따로 있습니다.

⚠️ 진짜 가산세 폭탄: 지급명세서 미제출

원천세 신고는 '우리 회사가 지난달에 직원들한테 세금 이만큼 떼서 보관하고 있어요'라고 알리는 과정입니다. 하지만 '누구에게' 얼마를 주고 세금을 얼마 뗐는지 최종 보고하는 지급명세서를 2월 말까지 제출하지 않으면, 미제출 금액의 1%가 가산세로 부과됩니다. 1억이면 100만원이죠. 이게 진짜 폭탄입니다.

이 글은 단순히 홈택스 사용법을 알려드리는 게 목적이 아닙니다.

세무사 없이 홀로 고군분투하는 사장님이, 가장 많이 하는 실수를 피해 가산세 폭탄을 맞지 않도록 돕는 것이 유일한 목표입니다. 정신 바짝 차리고 따라오시면, 최소한 세금 때문에 밤잠 설치는 일은 없으실 겁니다.

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원천세와 연말정산, 개념부터 확실히 잡기

복잡한 용어는 다 잊으셔도 좋습니다. 딱 두 가지만 기억하세요.

원천세: 월급 주기 전 세금 미리 떼기

직원에게 월급 200만 원을 주기로 했다면, 그 돈을 다 주지 않습니다.

소득세, 지방소득세 같은 세금을 국가를 대신해 미리 떼어(원천징수) 뒀다가, 다음 달 10일까지 신고하고 납부하는 것. 이게 바로 원천세 신고입니다.

국세청 입장에서는 수백만 직장인에게 일일이 세금을 걷는 것보다, 월급을 주는 사장님에게 한 번에 걷는 게 훨씬 편하겠죠? 그래서 우리에게 그 의무를 부여한 겁니다.

연말정산: 1년치 세금 최종 정산

매달 뗀 세금은 사실 '어림잡아' 뗀 돈입니다. 직원 개개인의 소비 패턴(신용카드, 의료비 등)을 모르니까요.

그래서 1년 치 소득이 확정되는 연말에, 각 직원이 제출한 공제 자료를 바탕으로 실제 내야 할 세금을 최종 계산하는 과정이 연말정산입니다.

이때 미리 뗀 세금이 더 많으면 돌려주고(환급), 적으면 더 걷는(추가납부) 정산을 하게 됩니다. 사장님은 이 결과를 1월분 원천세 신고서에 반영해서 신고하는 것이고요.

💡 핵심 요약

원천세 신고(매월 또는 반기): 지난달에 직원들한테 뗀 세금 납부하기.

연말정산(매년 1월): 1년 치 세금 정산해서 1월 원천세 신고에 반영하기.

지급명세서 제출(매년 2월 말): 작년 한 해 동안 직원별로 총 얼마 줬는지 최종 보고하기.

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사장님을 위한 홈택스 원천세 신고 실전 가이드 (A to Z)

이제 직접 홈택스에서 신고하는 방법을 알아보겠습니다. 처음엔 막막해도 한번 해보면 별거 아닙니다.

공동인증서(구 공인인증서)는 미리 준비해주세요.

1단계: 홈택스 로그인 및 신고서 찾기

국세청 홈택스에 접속하여 사장님 개인 또는 법인 공동인증서로 로그인합니다.

상단 메뉴에서 [세금신고] > [원천세 신고] > [정기신고] 순서로 클릭합니다.

2단계: 기본정보 입력

이제 신고서 작성 화면이 나옵니다. 당황하지 마시고 천천히 채워나가면 됩니다.

• 귀속연월/지급연월: 보통 전월로 자동 세팅됩니다. 2025년 1월에 신고한다면, 귀속/지급 모두 2024년 12월을 선택합니다. (연말정산분은 2025년 2월 지급으로 선택해야 할 수도 있습니다. 급여 지급일 기준!)

• 사업자등록번호: [확인] 버튼을 누르면 사업장 정보가 자동으로 입력됩니다.

• 신고구분: 연말정산이 포함된 신고라면 '연말정산'에 체크합니다.

3단계: 원천징수이행상황신고서 작성 (가장 중요!)

이 부분이 핵심입니다. 여기서 가장 많이 쓰는 코드 두 가지만 기억하세요.

주요 소득 코드 및 내용

소득 구분 코드	내용
A01 (근로소득 - 일반급여)	4대보험에 가입된 정규직, 계약직 직원의 급여
A25 (사업소득 - 인적용역)	프리랜서에게 지급하는 용역비 (3.3% 원천징수)

예를 들어, 정규직원 2명에게 총 500만원을 지급했고, 프리랜서 1명에게 100만원을 지급했다면 아래와 같이 작성합니다.

• 근로소득 (A01): 인원 2명, 총지급액 5,000,000원, 소득세 등 (급여대장 보고 계산한 금액) 입력

• 사업소득 (A25): 인원 1명, 총지급액 1,000,000원, 소득세 등 (100만원의 3.3%인 33,000원) 입력

모든 정보를 입력한 후 [신고서 작성완료]를 누르고 제출하면 끝입니다. 참 쉽죠?

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잊으면 큰일 나는 4대보험 보수총액신고 따라하기

원천세 신고가 '세금' 정산이라면, 보수총액신고는 '보험료' 정산입니다.

작년 한 해 동안 직원에게 실제로 지급한 총급여(보수총액)를 각 공단에 신고해서, 1년 치 건강보험료, 국민연금, 고용·산재보험료를 최종 정산하는 과정입니다.

이걸 제대로 안 하면 엉뚱한 보험료가 계속 부과될 수 있으니 반드시 챙겨야 합니다.

어디서 어떻게 신고하나요?

가장 쉬운 방법은 4대사회보험 정보연계센터 사이트를 이용하는 것입니다.

이곳에 로그인하면 국민연금, 건강보험, 고용·산재보험 신고를 한 번에 처리할 수 있습니다.

1. 4대사회보험 정보연계센터 접속 및 사업장 로그인

2. 상단 메뉴 [민원신고] > [보수총액신고]

3. 각 직원별로 작년 1년간 지급한 과세소득 총액을 정확하게 입력

4. 신고서 전송

📝 꿀팁: 비과세 소득은 제외하세요!

보수총액을 입력할 때 식대, 차량유지비 등 비과세 항목은 제외한 과세 급여 총액만 입력해야 합니다. 만약 비과세 소득까지 포함해서 신고하면 불필요하게 높은 보험료를 내게 되니 꼭 주의하세요.

여기까지 잘 따라오셨다면, 사장님은 1년 중 가장 골치 아픈 세무 업무 하나를 완벽하게 끝내신 겁니다. 이제 두 발 뻗고 주무셔도 됩니다.

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자주 묻는 질문 (Q&A)

Q 직원이 연말정산 자료를 안 내면 어떻게 하나요?

A

괜찮습니다. 사장님은 아무 공제 자료가 없는 상태, 즉 기본공제만 적용해서 연말정산을 진행하고 원천세 신고 및 지급명세서 제출을 하시면 됩니다.

해당 직원은 나중에 5월 종합소득세 신고 기간에 직접 홈택스에서 추가 공제 자료를 반영하여 경정청구를 하고 세금을 환급받을 수 있습니다. 사장님의 의무는 끝난 것이니 걱정 안 하셔도 됩니다.

Q 더존이나 위하고 같은 회계 프로그램을 꼭 써야 하나요?

A

필수는 아닙니다. 직원 수가 1~2명 정도로 적고 급여 변동이 거의 없다면, 엑셀로 급여대장을 만들어 관리하고 홈택스에서 직접 신고하는 것으로 충분합니다.

하지만 직원이 3명을 넘어가고 입·퇴사가 잦다면, 월 3~4만원 정도의 회계 프로그램을 사용하는 것이 훨씬 효율적입니다. 급여대장 작성, 4대보험 계산, 원천세 신고서 자동 생성을 도와줘서 사장님의 시간을 아껴줄 수 있습니다.

Q 작년에 직원이 중도 퇴사했는데, 어떻게 해야 하나요?

A

원칙적으로 직원이 퇴사할 때, 마지막 달 급여를 지급하면서 연말정산을 해서 퇴직금을 지급해야 합니다. 그리고 이번 2월 말까지 제출하는 지급명세서에 해당 퇴사자의 근로소득 정보를 '중도'로 구분해서 포함시켜 제출해야 합니다. 만약 이걸 놓쳤다면 지금이라도 꼭 반영해서 신고해야 가산세가 없습니다.